咸丰四年三月初八日（1854年4月5日），左宗棠再次出山，出任湖南巡抚骆秉章幕府。

　　当时，湖南正面临着太平军的大举进攻。曾国藩、王錱岳州兵败后已经退守长沙。三月二十七日（4月24日），占据了岳州的太平军自北向南进兵占领宁乡，由宁乡窜据湘潭，意图围攻长沙。曾国藩在长沙召集将领讨论用兵方略。当时，大多数都主张从水路取道靖江攻击太平军营寨，只有左宗棠和以委员身份帮办曾国藩军务的褚汝航主张从陆路救援湘潭。

　　最终，曾国藩采纳了左宗棠的意见，让原本已开往宁乡的塔齐布陆军一千三百多人改援湘潭。之后，曾国藩续派江忠淑带楚勇一千三百名、李辅朝带楚勇八百多名、张正扬带兵丁五百多人前往，又派杨载福、彭玉麟率水师五营随后出发支援。但同时，曾国藩又没有全听左宗棠的建议，在侦知太平军精锐悉攻湘潭、靖港守兵很少后，他亲率战船四十只，水勇千余人以及陆勇八百人，以偏师北攻靖港，想偷袭取胜。

　　靖港，在长沙西北，距长沙城六七十里，处沩水入湘江之口，有铜官山，六朝置铜官于此，因此称为铜官渚。四月初二日（4月28日），靖港之役首先结束，曾国藩军遭惨败——陆勇和太平军仅战斗了半个小时即行溃逃，水勇溃散一半，大小战船也损失严重，船炮丢失三分之一。据说，当时兵勇溃逃不已，曾国藩曾挥剑亲斩溃逃者，但依旧无济于事。想到自己成军后的两次出征，先败于岳州，如今又败于靖港。羞愤之下，曾国藩两度投水自杀，幸亏被部下救起，最后只好率残部退回长沙，栖身于妙高峰行馆。

　　左宗棠得知后，于第二天清晨出城。当时由于太平军包围，长沙城门紧闭，左宗棠只好坐在大竹篮里让士兵绑着竹篮将自己从城头放下来出城，到湘江船上看望曾国藩。此时的曾国藩，十分狼狈颓唐，投江所穿衣服都没有心情换，落水后所沾的泥沙还清晰可见，“气息仅属。所着单襦沾染泥沙，痕迹犹在”。左宗棠见状，又急又气，不禁责备曾国藩事情远没有严重到需自杀谢罪的程度、轻生之举过于莽撞。

　　按照左宗棠后来在《铜官感旧图》序中的描述，当时的曾国藩，得知左宗棠来之后，依然紧闭双眼、一言不发，叫人拿来纸笔，将所剩的炮械、火药等军备数量写出，让左宗棠代为查验，一副交代后事的架势。左宗棠见状，十分不放心，连着几天都到曾国藩大营，对其加以开导。恰好这时湘潭战胜的消息传到长沙：四月初五日（5月1日），塔齐布、杨载福、彭玉麟等统率的湘军主力，经过八天的苦战，收复湘潭。太平军遭受极其严重的损失，被迫北撤。

　　这是湘军出师以来的第一次大捷，对于稳定刚刚经历过靖港惨败的湘军的士气、巩固清王朝在湖南的统治起了重大作用，也使得曾国藩已颓之气得以复振。《曾国藩年谱》中说：“自粤逆称乱以来，未受大创。湘潭一役，始经兵勇痛加剿洗，人人有杀贼之志矣。”

　　左宗棠对湘潭战役的胜利也给予高度评价，在给女婿陶少云的信中，他认为湘军这次剿贼神速，使得太平军遭受了出兵以来最大的失败，“贼匪相向痛哭”。在由左宗棠主笔、骆秉章和曾国藩会衔的《靖港击贼互有胜负湘潭大捷克复县城折》中，也是盛赞克复湘潭、毙贼不下万人的战绩，铺陈太平军遭此惨败之后，相向痛哭、互相埋怨，军心不稳。

　　左宗棠之所以不嫌麻烦，天天出城去开导曾国藩并大力宣扬湘潭战役获胜的意义，个中原因，是因为他认为曾国藩“忠诚笃实，正灭贼之人”，觉得偶尔遭受点挫折，正是上苍对曾国藩的磨练。应该说，在曾国藩遇到人生第一个低谷时，左宗棠曾鼎力相助。

　　湘潭大胜后，曾国藩湘军于七月挥师北上东进，八月二十三日（1854年10月14日）克复武昌、汉阳，太平军被迫退守田家镇。之后，曾国藩又于九月下旬拔营进剿，率军东下。太平军虽用铁索拦住长江江面，但难阻湘军获胜势头。陆营湘勇斩断太平军设置的铁索，杨载福、彭玉麟则督率水军攻断江中铁链，水师飞桨而下，纵火焚烧太平军战船。当时正值东南风大作，太平军四千五百多条战船全被烧毁，伏尸万数。田家镇北岸的太平军也毁营而溃。曾国藩湘军取得了田家镇大捷。之后，湘军顺江而下，于十一月十四日（1855年1月2日）进驻江西九江城外。

　　但在九江湖口，曾国藩遇到了劲敌，与他正面交锋的，是太平天国翼王石达开。

　　咸丰四年十二月初一日，湘军陆军合攻九江城，未克；初十日，水陆合攻湖口贼营，依然未克；十二日，石达开设计引诱湘军水军舢板船驶入内湖，然后在湖口设卡筑垒，使得舢板船被困无法驶出。湘军水师的船只分为快蟹长龙大船和舢板小船，大船主要负责指挥，舢板负责大船之间的联络和作战。舢板被困，大船立即掉运不灵。当晚，太平军以小艇乘夜来袭，烧毁湘军战船三十九艘。二十五日（1855年2月11日），太平军又派小艇夜袭湘军水军，放火焚湘军战船十余号，使得曾国藩的座船被夺，文书档案丢失无数，甚至连朝廷赏赐的班指、翎管等也来不及拿走。曾国藩羞愤之余，一度又要自杀。

　　在与曾国藩九江对峙的同时，太平军又沿江上溯，于咸丰五年（1855）二月第三次占领武昌；江西太平军攻陷饶州府后则分犯乐平、景德镇、祁门、徽州、广信等地，曾国藩应对不暇，处于下风。在派罗泽南率湘勇三千回援武昌后，曾国藩在九江城外的陆勇，只剩下塔齐布所统率的5000人，再也无力对九江城发动进攻。

　　罗泽南在武昌进展不利——部队刚到武昌城外泊好船，就连遇大风，船只沉损不少。于是，改为停泊金口。但面对人马数倍于己的太平军，加上兵饷无出，罗泽南在武昌也是一筹莫展。

　　咸丰五年七月十九日（1855年8月31日），塔齐布因攻九江不下，患气脱而死；回援武昌的罗泽南，想着赶快攻下武昌，再往救曾国藩，日夜督战，于咸丰六年（1866）二月竟为炮伤而死。一时间，曾国藩连失两员大将。

　　损兵折将的曾国藩，在九月初五日（10月15日）上折自请处分，表示“自办理内湖水师已逾半年，鄱湖以内虽已一律肃清，而未能横截江面，终无裨益于大局。转瞬霜降水面，攻剿愈难。师久无功，饷项虚糜，应请旨将臣交部严加议处”。

　　军事失利之外，曾国藩还面临部队饷银无着、江西地方官为难等困境。

　　曾国藩湘军入江西后，兵饷的主要来源是在籍刑部侍郎黄赞汤在江西劝捐所得的四十余万两。湘军为江西抵挡了太平军的大部分进攻，但面对曾国藩一而再、再而三的求饷，江西巡抚陈启迈均不肯拨给。用兵方面，两人也是意见不合：曾国藩想调罗泽南去与水师会攻湖口，陈启迈则调其去防景德镇、防省城；曾国藩札调万载县举人彭寿颐来营效力，但由于彭寿颐和万载县知县有矛盾，陈启迈不但不从，还派臬司将彭抓起来严加审讯。由此曾、陈二人矛盾更深。

　　六月十二日（7月25日），曾国藩专折奏参江西巡抚陈启迈。不久，咸丰下旨将陈启迈革职，江西巡抚由文俊补授，江西臬司恽光辰被撤职查办。但曾国藩与江西官场的关系，依然没有好转。

　　与江西官员处处为难曾国藩不同，左宗棠始终认为曾国藩是此时办贼之人，不能有丝毫闪失。

　　进入咸丰六年（1856），曾国藩在江西遭石达开部队所围困，音讯难通，一度被迫用暗语写家信或把求援信藏在伞柄中派人送往武昌罗泽南处求援。左宗棠此时也十分担心曾国藩的安危，他对骆秉章说一旦江西有危险，湖南也会被波及，甚至会影响东南江西、安徽、江苏、浙江各省局势。为此，骆秉章将正在湖南境内剿匪的王錱、刘长佑等召回，让他们前往江西支援。本来朝廷只是要求他们派一千五百到两千名兵丁，但湖南一开始就派王錱带六千兵马前往。

　　根据骆秉章的奏报，自咸丰二年至九年，湖南派出援鄂、援赣、援粤、援黔等地的兵马人数不下十万，以致阵亡的将领、营官、弁目数以千计，至于阵亡的勇丁长夫更是以万计。其中，支援江西的部队，截至咸丰八年（1858）八月攻取太平军在江西的最后一个据点吉安时，总计近两万人。

　　至于军饷方面的援助，更是为数甚巨。根据骆秉章的奏报，仅咸丰五年十月到咸丰八年，湖南在江西的援军所花费的军饷以及湖南支援江西的饷银就将近三百万两。此后，这一数目仍在不断增加中，咸丰九年达到三百多万两。

　　对于湖南的贡献以及左宗棠的功劳，曾国藩心里十分清楚，也在咸丰皇帝面前予以保奏。咸丰五年九月初五日，他在《师久无功自请严议并兼保各员片》中，除奏报了湖南巡抚骆秉章拨饷添勇之功外，还奏保了左宗棠：“臣自抵江西整理水师，已逾半年，……赖湖南巡抚骆秉章，一力维持，接济船炮，拨给饷项，添募水勇，俾金口水师危而复安，弱而转强；以保湘省，即以卫大局。该抚署内幕友候选同知左宗棠，于外江水师尤为殷勤保护，一船、一炮、一哨、一勇，皆苦心照料，劳怨兼任，一面在长沙操练，一面发往鄂省，力挫水贼凶锋。”正是由于曾国藩的此番保奏，咸丰下旨左宗棠以兵部郎中用，并赏戴花翎。